ב-17 במרץ 1948 פורסם צו הקמת 'השירות הימי' – הכוח הקרבי הימי של המדינה שבדרך. הצו קבע שעל השירות להתבסס בשורה הראשונה על היחידות הימיות של הפלמ"ח, הפלי"ם ופלוגת נמל חיפה, אותן יש להעביר מרשות הפלמ"ח לרשות המטה הכללי. יישום הצו נתקל במכשולים שונים, המרכזי שבהם היה הפניית כ-200 אנשי הפלי"ם לקרבות להסרת המצור מעל ירושלים. עקב עמדתו הנחרצת של בן-גוריון – הוא לא החשיב את הניסיון הימי של אנשי הפלי"ם, ואת התפיסה הצבאית-ימית שהם הציעו, כבסיס הנכון לבניית צי מלחמה – השירות הימי לא הוקם כמסגרת הפלי"ם תחת שם וכפיפות אחרים, אלא כגוף חדש לגמרי שגייס אליו אמנם יוצאי פלי"ם בהמוניהם אך גם מספר דומה של מגויסים אחרים בעלי רקע ימי זה או אחר (לפרטים ראה הכתבות בנושא: מהפלי"ם לשירות הימי, הזקן הים). בראש ה'שירות הימי', שהוכפף למשרד הביטחון ולא לרמטכ"ל, העמיד ב-ג את איש החינוך גרשון זק – מינוי פוליטי של אזרח נאמן מפא"י בעל יכולות ארגון ואדמיניסטרציה מעולות אך חסר כל רקע ימי – צעד נוסף מצד ב-ג ע"מ למנוע מיוצאי הפלי"ם, המגובשים חברתית ובעיניו החשדניות גם פוליטית, הגמוניה לא מקובלת מבחינתו בגוף החדש (בהתאם, נוצרה בשירות חלוקה ברורה: במטה היו בעיקר אנשי מפא"י ובספינות בעיקר יוצאי פלי"ם). נראה כי ב-ג סימן כבר אז את פול שולמן (שאול בן צבי) – פעיל 'המוסד לעליה ב' בארה"ב ובעל ניסיון ימי צבאי בצי האמריקאי – כמי שיש לשכנעו להתנדב לתפקיד המפקד הצבאי של השירות. שולמן אכן הסכים ועלה לארץ, החל בסוף מאי למלא את התפקיד באופן לא פורמאלי על תקן של יועץ ומאמצע אוקטובר באופן פורמאלי כאשר התמנה לראש המטה (הוא נחשב לפיכך למפקד הראשון של חה"י).

לאחר פרסום הצו החל הגיוס הרחב של יורדי ים לשירות הימי. עם הצטרפותם של לוחמים ששבו מהקרבות באזור ירושלים (רבים מהם לא שבו: 71 נפלו בקרבות ולא מעטים אחרים בחרו להישאר במסגרת הפלמ"ח) היוו יוצאי הפלי"ם ופלוגת נמל חיפה למעלה ממחצית המגויסים הראשוניים של השירות; המגויסים האחרים היו מהמתנדבים לצי הבריטי בזמן מלה"ע (למרות שלצי הבריטי התנדבו במלה"ע יותר כ-1,100 איש, רק בודדים מהם שירתו על כלי מלחמה, וההתנדבות הייתה בעיקרה לעיסוקים מקצועיים – מכונאות, חרטות, מסגרות וכיו"ב – בבסיסי הצי הבריטי; בהתאם, אלו מהם שהתגייסו איישו באופן טבעי את התפקידים היותר טכניים בחיל – מספנה, הנדסה, מכונאות וכיו"ב), ימאים שרכשו ניסיון מקצועי ע"ג אוניות סוחר (הנשירה מקרבם הייתה גבוהה בגלל קשיי הסתגלות לסביבה צבאית ועימותים תכופים עם יוצאי הפלי"ם), דייגים, בני נוער בוגרי האגודות הימיות ('הפועל', 'זבולון', 'צופי-ים' ו'אליצור') ואנשי מח"ל (מתנדבי חו"ל). פלוגת נמל חיפה השתתפה בקרב לשחרור העיר התחתית ב-23 באפריל 1948 ואז צורפו אנשיה לשירות הימי והיוו את גרעין בסיס חיפה. 

הפעילות המבצעית המשמעותית הראשונה של השירות הימי הייתה בעזרה לחטיבת "כרמלי" במבצע 'בן עמי', לטיהור הגליל המערבי. במסגרת זאת, ערב פלישת צבאות ערב ובשלהי המצור היבשתי על העיר נהריה באביב 1948, העביר השירות הימי נשק ותגבורת לחוף נהריה ופינה ילדים מהאזור באמצעות הספינה 'חנה סנש' (ספינת המעפילים לשעבר 'חנה סנש', אותה חכר השירות הימי מחברת 'העוגן'). כמו כן ניסה, ללא הצלחה, לפוצץ את הגשר בראס-אל-ביידה שמצפון לראש הנקרה [הערת מערכת].

עם הכרזת המדינה קיבל השירות הימי את כלי השייט הקרביים שלו מ"צי הצללים", מאגר ספינות המעפילים לשעבר: הקורבטות 'ווג'ווד' ו'הגנה' ושוברת הקרח לשעבר 'א-16 אילת' (היא 'מדינת היהודים'). השיפוץ והסבת אוניות "צי הצללים" לצרכי 'השירות הימי' החלו עוד בטרם עזבו הבריטים והתבצעו ע"י החברות האזרחיות 'העוגן' ו'קירשטיין את גרינשפון' (אנשיהם, שחלקם שרתו בתפקידים טכניים בצי הבריטי בזמן מלה"ע, היוו את התשתית המקצועית למספנת חיל הים שהוקמה בנמל חיפה תחת פיקודו של בכיר 'המוסד' לשעבר גרישה שנקמן). השירות גם קיבל ב"ירושה" מהבריטים מספר ספינות משמר חופים. כמו כן צורפו לו בהמשך שתי יחידות שצמחו מ'החוליה' של הפלי"ם – הצוללנים ('יחידת החבלנים – קיסריה'), ו'סירות המחץ'. הן אוחדו ב-1 בינואר 1950 ליחידה בשם 'שייטת 13' (מקור השם במסורת הפלי"ם להרים כוסית כל 13 בחודש), היא "הקומנדו הימי", תחת פיקודו של יוחאי בן-נון (ראה כתבה מפורטת בנושא: מ'החוליה' אל שייטת 13).

במהלך מלחמת העצמאות הצליח השירות הימי להסיר את האיום מצד הצי המצרי על חופי הארץ ואף לטבע את אונית הדגל שלו. השליטה הימית שהשיג החיל אפשרה לו להטיל סגר ימי על רצועת עזה, שהתבטא בהפגזות חוף במשך הלילה וסיורים לאורך נתיבי הים בין מצרים לרצועה ביום. רוב רובם של חללי חיל הים במלחמה נפלו בפעילות יבשתית, בליל 18-17 יולי 1948 בקרב על הכפר הערבי בית עפה ששכן מספר קילומטרים מזרחית למשטרת עיראק סואידן. ניסיון הכיבוש של הכפר מהמצרים נכשל ופלוגת נחיתה של חיל הים שנטלה חלק בקרב ספגה אבידות כבדות שהסתכמו ב- 22 הרוגים ומספר דומה של פצועים.

ב-1 בנוב' 1948 שונה שמו של 'השירות הימי' ל'חיל הים', בוטלה כפיפותו הישירה למשרד הביטחון ונקבעה כפיפותו של מפקד חיל הים ישירות לרמטכ"ל. ב-25 שנותיו הראשונות של חיל הים עמדו בראשו 5 מיוצאי הפלי"ם [הערת מערכת].

לציון מיוחד בתהליך הקמת חיל הים ראויים אנשי מח"ל בעלי ניסיון ימי שהתגייסו לחיל ותרמו לו רבות מניסיונם המקצועי, בעיקר בתחום ההדרכה. עליהם נמנה גם פול שולמן הנ"ל [הערת מערכת].

[כתב: צבי בן-צור]

מ"צי הצללים" לצי העברי

הזקן והים – מעורבותו של בן-גוריון בהקמת חיל הים

מהפלי"ם לשירות הימי

רכש 'סירות המחץ'

זלמן אברמוב מספר על טיבוע 'אל אמיר פארוק'

הרצל לבון מספר על יחידת החבלה הימית והתפתחותה לשייטת 13

מהחוליה אל שייטת 13

'דרום אפריקה' והקורבטות ק-18 וק-20 נוטלות חלק במבצע לסיכול רכש ערבי במלחמת העצמאות

ראיון עם פול שולמן – המפקד הראשון של חיל-הים

רכש כלי שייט לחה"י

הקשר הימי לנהריה בעת שהעיר הייתה נתונה במצור יבשתי

הפעילות המצרית הימית הראשונה במלחמת העצמאות: הפגזת קיסריה - שדות ים

אלי ורשבסקי מספר על הקרב הימי הראשון [הערת מערכת]

מבצע 'דוד' – ניסיון טיבוע הספינה 'גרילה' (היאכטה של היטלר לשעבר) בנמל ביירות

הפעילות הימית לתפיסת עין גדי במהלך מבצע 'עובדה' (מאת: אבי נבון) [הערת מערכת]

אילת והזירה הימית בים סוף: בראשית [הערת מערכת]

הפעולה בראס אל-ביידה

בראשית – 'השירות הימי' בא לעולם [הערת מערכת]
דוד מימון , מפקדה הראשון של 'הגנה' ק-20, מספר (בין היתר) על הולדת חה"י
אלי ורשבסקי מספר על 'אילת' א-16 ("הצפונית") וחלקה ב"פרשת אלטלנה"
אמנון לב מספר על סיור מקדים לפעולת חבלה בצפון סיני
מנחם ים שחור – סיפורו של חבלן ימי במלחמת השחרור
"תקוף את הכוח המצרי עם שני כרישים"
משה קליין מספר על המיוחדת והנרקיס, בקו קפריסין והארץ [הערת מערכת]
שניים אוחזין באונייה
שמואל טנקוס מסכם את עשר השנים הראשונות של חיל הים
יוסקה אלמוג מספר על ראשית חיל הים
רכש ספינת המשמר המהירה 'הפורצים' מ-17
מנחם בן-ימי מעיד על השתתפות חיל הים במבצע ולווטה
"המיוחדת" בקו חיפה - פמגוסטה